El Programa de Cooperación MERCOSUR-AECID (PM) forma parte de las iniciativas que la Cooperación Española ha puesto en marcha en los últimos años de apoyo a los organismos regionales y a los procesos de integración en América Latina.
Esta apuesta es la traducción al ámbito operativo de los contenidos del II Plan Director de la Cooperación Española 2005-2008, donde se afirma que la cooperación de España con América Latina se realiza en tres niveles: el bilateral, el subregional y el regional, y pretende poner en marcha programas regionales que se desarrollen en asociación con organismos subregionales. En el III Plan Director 2009-2012, se apuesta por continuar apoyando los mecanismos de integración regional en América Latina. Además, todos los ejes de acción y los proyectos del PM están alineadas con las prioridades sectoriales definidas en referido Plan, y se corresponden con sectores prioritarios de la Cooperación Española en los cuatro Estados Partes del bloque regional.
La experiencia acumulada por la AECID en el Programa de Cooperación con Centroamérica y en el Programa Regional Andino constituyó una buena base para extender esta experiencia al ámbito del MERCOSUR.
El 20 de junio de 2008, bajo la Presidencia Pro Tempore de Argentina, se firmó en Buenos Aires un Memorando de Entendimiento entre la AECID y el MERCOSUR (MdE). En este documento, el MERCOSUR reconoce que ha definido líneas de trabajo para contribuir a la profundización de la integración regional, al desarrollo y competitividad de la región y a la cooperación política y social entre los países, como claro compromiso con las demandas de la población. La AECID ratifica su compromiso con el progreso de América Latina y con la ejecución de acciones que permitan su desarrollo sostenible.
Ambas partes reiteran que comparten una visión a mediano y largo plazo orientada a la ampliación de capacidades regionales y al aprovechamiento de oportunidades con el fin de contribuir a la reducción de la pobreza y de fomentar sociedades más equitativas.