El ámbito temporal de aplicación del Programa MERCOSUR, conforme a lo establecido en el Memorando de Entendimiento (MdE), se inicia desde el momento de su firma y tiene un plazo de duración de cuatro años, renovables por mutuo acuerdo de las Partes. En consecuencia, se establece como primer período de duración: 2008-2011.
La gestión y ejecución del PM se rige por lo establecido en el MdE, donde se dispone que todos los proyectos y demás actividades se ejecuten mediante las modalidades que se establezcan para cada caso, y de conformidad con las respectivas disponibilidades presupuestarias. Las partes definen de mutuo acuerdo, en Planes Operativos Anuales, los proyectos a ser ejecutados de conformidad con sus programaciones. Corresponde a la AECID y al MERCOSUR la supervisión de los fondos que respectivamente sean desembolsados para las actividades del PM.
En cuanto a la gestión y ejecución del Programa en AECID, la responsabilidad recae en la Dirección de Cooperación para América Latina y Caribe y, más concretamente, en el Departamento de Cooperación con los Países Andinos y el Cono Sur. La sede en terreno del PM, que lleva a cabo el seguimiento directo de los proyectos, se encuentra en la Oficina Técnica de Cooperación (OTC) de Montevideo (Uruguay), por estar en esta ciudad gran parte de las instituciones del MERCOSUR. Además, las OTC ubicadas en los demás países del Mercosur participan en la coordinación y seguimiento de las actividades del PM.