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El fortalecimiento de los sistemas de educación superior y la investigación constituye un objetivo específico de gran importancia de la Cooperación Española. Ello afecta a diferentes aspectos relacionados con la docencia, la investigación, la gestión, la infraestructura y el fortalecimiento institucional.

Históricamente, los programas de becas y proyectos de investigación han constituido un instrumento privilegiado de la cooperación bilateral con Argentina.

La oferta de formación universitaria de nivel postgraduado, doctoral y postdoctoral, a través de convocatorias anuales de becas como el Programa de MAEC-AECID y Fundación Carolina, constituyen un instrumento esencial de la cooperación de España con los países receptores de Ayuda Oficial al Desarrollo, al igual que un aspecto destacado de sus relaciones culturales y científicas con el resto del mundo.

En cuanto a la cooperación interuniversitaria y científica, el principal instrumento de la cooperación es el Programa de Cooperación Interuniversitaria e Investigación Científica, cuyo objetivo es fomentar la creación y desarrollo de redes estables de cooperación académica y científica entre universidades y centros de investigación, en diversas modalidades.

Para la capacitación de funcionarios iberoamericanos, técnicos de los organismos públicos u otros que realicen funciones de interés público, la AECID promueve una amplia oferta de cursos y prácticas a través del Programa Iberoamericano de Formación Técnica Especializada. Las actividades se desarrollan en España y en los cuatro Centros de Formación en América Latina, situados en Santa Cruz de la Sierra (Bolivia), Cartagena de Indias (Colombia), La Antigua (Guatemala) y Montevideo (Uruguay).